1737 m. valdovas Augustas III privilegija pakvietė žydus apsigyventi Joniškyje, pamažu čia kūrėsi bendruomenė, ir 1795 šaltinuose minima, kad mieste gyveno 88 žydai. Po poros metų didėjanti bendruomenė gavo leidimą pasistatyti sinagogą, kartu gavo sklypą kapinėms šiek tiek atokiau nuo miesto. Kapinės nuo Joniškio nutolę 1000 m. į šiaurės rytus, 210 m į šiaurės vakarus nuo kelio Joniškis–Skilvioniai.

Taigi šios kapinės mena dar XIX a. žydų bendruomenės Joniškyje istoriją. Čia yra išlikusių ir itin gerai išsilaikiusių paminklų. Kapinėse yra apie 800 įvairių formų rausvo, pilko, juodo tašyto granito, betono antkapinių paminklų, daugiausiai su iškaltais memorialiniais įrašais hebrajų kalba, keletas mūrinių laidojimo rūsių. Seniausias antkapinis paminklas datuojamas 1806 metais. 1897 m., praėjus kiek daugiau nei šimtui metų, Joniškyje gyveno 4774 gyventojai, iš kurių 2272 buvo žydai. Tarpukario metais dėl vis didėjančios žydų migracijos į JAV, tuometinę Palestiną ir Pietų Afrikos Sąjungą. bendruomenė pradėjo trauktis, antai 1936 m. Joniškyje gyveno tik apie 700 žydų. Žydai vertėsi įvairios veiklomis. Nemaža dalis jų vertėsi prekyba ir amatais. Tarpukariu žydai minimi užsiimantys laikrodininko, kirpėjo, kepurininko, dailidės, skardininko, mėsininko amatais, o Joniškio krašte garsėjo gydytojai Gitelis ir Jakobas Garberiai. Vietos žydai nemaža dalimi prisidėjo prie miesto industrializacijos.

1941 m. vasarą nacistinei Vokietijai okupavus Lietuvą netrukus prasidėjo Joniškio žydų persekiojimas galiausiai Holokausto metu bendruomenė sunaikinta.