Žydų bendruomenė Linkuvoje įsikūrė XVIII a. ir iki 1750 sudarė beveik pusę miestelio gyventojų ir jau tuomet turėjo medinę sinagogą. Tačiau per 1883 m. gaisrą medinis pastatas sudegė. Nepraėjus dešimtmečiui, žydų bendruomenė pastatė naujus maldos namus – Beit Midražą, kuris buvo skirtas visų pirma tiems žydams, kurie studijavo religinius judaizmo tekstus, tačiau taip pat veikė kaip žydų maldos namai – sinagoga. XX a. I pusėje centrinę Linkuvos dalį sudarė dešimt nedidelių kvartalų, kuriuose daugiausia gyveno žydų bendruomenė. Sinagoga buvo pagrindinė žydų bendruomenės vieta – čia buvo ne tik meldžiamasi, tai pat buvo sprendžiami bendruomenės reikalai, švenčiamos šventės. Sinagoga veikė iki 1941 m. kuomet nacių okupuotoje Linkuvoje buvo sunaikinta visa miestelio žydų bendruomenė šalia Dvariukų kaimo bei Atkočiūnų miške. Sovietinės okupacijos laikmečiu – 1959 m. – buvusi sinagoga paversta kino teatru. Vėliau pastate veikė lentpjūvė, o buvusi moterų sekcija sinagogoje buvo paversta gyvenamaisiais butais.

Šiandien pastatas nenaudojamas,  išorė daugiausia tinkuota, išlikusi tik dalis autentiškų dviejų aukštų pastato detalių.Pietvakariniame frontoniniame fasade išlikę centriniai segmentiniai langai, kurių dešinėje nuo durų yra matotmi vingiuoti raudonų plytų frontonai. Vakarinio fasado viršuje išlikusi ir sinagogos pastatymo metų data – 5650 – pagal žydų kalendorių.