Ankstyviausias Lygumų surašymo duomenimis 1741 m., jau minima žydų bendruomenė gyvenanti miestelyje. Dešimt metų vėliau atliktame surašyme minima, kad trylika žydų šeimų užsiima prekyba ir amatais. XIX a. pradžioje Lygumų žydai jau turėjo Beit midrašą – tai reiškia, kad pastatas pirmiausia skirtas tiems žydams, kurie studijavo religinius judaizmo tekstus. Vėliau žydų bendruomenė pastatė sinagogą. Dėl medinės architektūros, gaisrai tuo metu buvo labai dažna problema. 1876 m. vieno jų metu sudegė 30 namų, po metų kilo dar du dideli gaisrai, nusiaubę sinagogą. Galiausiai, XX a. sandūroje, miestelyje buvo pastatyta raudonų plytų sinagoga, kuri išliko iki šių dienų. Sinagogą pastatė nežinomas architektas. Netinkuota raudonų plytų konstrukcija, stovinti ant mūrinio cokolio pastatyta vadinamuoju raudonų plytų stiliumi. Šiandien aiškiai matomas išlikęs šiaurės rytų pusės sinagogos fasadas padalintas į dvi dalis dalinančias pagalbines patalpas ir maldų salę. Matomi piliastrai padalija maldos salės fasadą į keturias erdves, kurių kiekvienoje yra apvalus langas. Per Pirmąjį pasaulinį karą Lygumų žydai buvo ištremti Rusijos kariuomenės,  po karo grįžo tik apie 50 šeimų. Deja, 1931 ir 1933 metais Lygumuose vėl kilo dideli gaisrai. Po pastarojo sinagogoje laikinai apsigyveno apie 30 žydų šeimų.

Pastatas veikė iki Antrojo pasaulinio karo, nacių okupacijos metais, 1941 m. rugsėjį Juknaičių girioje buvo sušaudyta apie 250 Lygumų žydų. Sinagogos vidus buvo iš esmės sunaikintas kaip ir visa Lygumų žydų bendruomenė. Iki šiandien maldos namuose yra išlikę keturi centriniai tinkuotų plytų stulpai, tačiau sinagoga daug dėmesio nesulaukia. Šiuo metu pastatas naudojamas grūdų saugojimui.