Mažoji sinagoga buvo pastatyta 1857 m. greta Didžiosios sinagogos. Statybines medžiagas reikalingas sinagogos statybai parūpino tuometinis Kėdainių savininkas grafas Marijanas Čapskis. Istorizmo architektūros bruožų turinti sinagoga su Didžiąja sinagoga suformavo taip vadinamą sinagogų kiemą (shuhoyf). Mažoji sinagoga, skirtingai nei Didžioji, buvo šildoma ir žiemą.

Antrojo pasaulinio karo metu ir  sovietinės okupacijos laikotarpiais – abi sinagogos buvo tapusios ir arklidėmis, ir sandėliais. Nuo 2002 m. sinagogoje veikia Daugiakultūrinis centras, kuriame galima susipažinti su Kėdainių žydų bendruomenės istorija ir organizuojami įvairūs kultūriniai renginiai. 2023 m. ant pastato atidengta memorialinė lenta, kurioje trimis kalbomis – lietuvių, anglų bei hebrajų – įamžintas faktas apie tai, kad Kėdainiai buvo tapę Myro ješivos prieglobsčiu. Antrojo pasaulinio karo sumaišties ir žiaurių įvykių fone Kėdainiai trumpam tapo vienos žymiausių judaizmo dvasinės akademijos – Myro ješivos – prieglobsčiu. Pastaraisiais metais vykdyto projekto  „Kėdainių krašto muziejaus  Daugiakultūrio centro modernizavimas” dėka, Daugiakultūris centras lankytojams atveria duris modernizuotas, įsigyta būtiniausia įranga, parengta nauja interaktyvi ir šiuolaikiška ekspozicija „Ich bin Keidaner“, pristatanti Kėdainių žydų bendruomenės istoriją.

Daugiau informacijos apie Kėdainių Daugiakultūrinį centrą ir jame vykdomas edukacines programas.