Paskutinysis iš 9 Kauno tvirtovės fortų Rusijos imperijos užmanymu buvo pastatytas  1901-1913 m., bet savo funkciją kaip gynybinio forto iš esmės atliko itin trumpai. Lietuvai paskelbus nepriklausomybę buvo nutarta fortą reorganizuoti ir jo pastatas pasirinktas kaip puikiai tinkamas naujajam Kauno miesto sunkiųjų darbų kalėjimui, kuris čia ir veikė nuo 1924 m. iki pat pirmosios sovietinės okupacijos. Sovietinė valdžia ir toliau naudojo kaip kalėjimą ar perskirstymo punktą politiniams kaliniams, vežamiems į Gulagus Sibire. Naujas forto panaudojimo nusikaltimams prieš žmogiškumą etapas prasidėjo su nacistinės Vokietijos okupacija 1941-ųjų vasarą. Iš pradžių fortas jų perimtas kaip kalėjimas, kuriame buvo kalinami žydai bei komunistai, o nuo spalio mėnesio jame pradėti masiškai žudyti žydų tautybės asmenys nepaisant jų lyties ar amžiaus. Kol kas manoma, kad šių žudynių metu gyvybės neteko apie 50 tūkstančių žmonių – tiek Lietuvos žydų, tiek iš kitų šalių atvežtų žydų tautybės asmenų. Ant forto kalėjimo sienų išlikę pasmerktųjų užrašai, vienas iš daugelio liudija vienu metu forte kalėjus 900 prancūzų („Nous sommes 900 francais“). Kaip ir daugelyje tokios gausos masinių žudynių vietų vokiečiai siekė panaikinti viską, kas juos inkriminavo, tad 1943 m. lapkritį IX forte buvo sudarytas specialus kalinių būrys, kuriam paskirta užduotis iškasti mirusiųjų kūnus ir juos sudeginti. Dirbdami šį makabrišką darbą kaliniai suvokė savo situacijos laikinumą ir suorganizavo pabėgimą – 1943 m. gruodžio 25 d. iš forto pabėgo 64 kaliniai, kurių 11 pavyko išgyventi iki Antrojo pasaulinio karo pabaigos ir papasakoti tragišką IX-ojo forto – „mirties forto“ – istoriją. Vis tik su šių kalinių pabėgimu forto žudynių istorija nesibaigė – masinės žudynės buvo vykdomos ir toliau, jos baigėsi tik 1944 m. vasarą, kai Lietuva buvo reokupuota Sovietų Sąjungos, o pralaiminti Vokietija atsitraukė iš šių teritorijų.